La cercanía a Estella hace que buena parte de la población de Ayegui trabaje fuera de la localidad. En el pueblo, la actividad industrial gira en torno a la madera y al vino: hay fábricas de muebles y dos bodegas.

Es también importante el sector servicios y, dentro de él, la hostelería. Ayegui cuenta con un importante complejo turístico formado por un camping y un hotel.

El sector agrario, por su parte, tiene poco peso. Dentro de él, la mayor parte de los cultivos son de secano, y predominan los herbáceos sobre los leñosos.